Alle Arbeiten in der ECOlonie sind eingeteilt in Projektgruppen. Jede Projektgruppe kümmert sich um einen Teilbereich der ECOlonie. Jeweils einer der Bewohner übernimmt zusammen mit den Freiwilligen die Verantwortung für ein Projekt und die Gruppe sorgt selbst für die Arbeitsteilung und die Ausführung der Arbeiten. Hier einige Projekt-Beispiele: